Johns echtgenote, actrice Kelly Preston, overleed vorig jaar aan borstkanker. Ze was 57 jaar. Kelly en John kregen drie kinderen: Jett, hun zoon die begin 2009 overleed, Ella (20) en Benjamin (10).
Het huis, dat John in 1991 kocht ligt in de noordelijke staat Maine op Islesboro. Een eiland alleen toegankelijk voor wie er een huis bezit. De woning telt maar liefst 42 kamers, waaronder 14 slaap- en badkamers . het huis werd door Kelly in een romantisch-landelijke stijl ingericht bij een grote renovatie eerst in 1999 en vervolgens in 2010.